Сотни лет люди живут в глубоких пещерах, в постоянном страхе перед землетрясениями и обвалами. В одной из таких подземных деревень живет мальчик Симон и его духовный наставник — парень Камина. Камина верит, что наверху есть другой мир, без стен и потолков, его мечта — попасть туда. Но мечты остаются пустыми фантазиями, пока в один прекрасный день Симон случайно не находит сверло, оказавшееся ключом от странного железного лица в толще земли. В этот же день потолок пещеры рушится. Так начинается приключение Симона, Камины и их компаньонов в новом мире под открытым небом огромной вселенной.

2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV и единственное, что он хочет сказать отцу — как сильно его ненавидит. Но на месте выясняется, что Синдзи должен прямо сейчас залезть в робота и сражаться с Ангелом.

Боевым пилотом робота серии «Еванглион» становится 14-летний Синдзи Икари — сын руководителя NERV Гэндо Икари, замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий отдаление отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых начальство скрывает истинный смысл проекта.

Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.

2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV и единственное, что он хочет сказать отцу, как сильно он его ненавидит. Но на месте выясняется, что Синдзи должен прямо сейчас залезть в робота и сражаться с Ангелом.

Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие: загадочной британкой Мари и бойкой немкой Аской. Аска, как и Синдзи, заселяется в квартиру Мисато и начинает учиться с ним и Рэй в одном классе. Также в NERV прибывает старый знакомый Мисато Рёдзи Кадзи, которому она не очень-то рада, и, пока ребята успешно сражаются с Ангелами, у всех складываются непростые отношения.

Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе серии «Марк» и вызволяет Синдзи из воздушного линкора WILLE.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются наладить мирную жизнь.

В один роковой день всё человечество превратилось в камень. Много тысячелетий спустя старшеклассник Тайдзю освобождается от окаменения и оказывается в окружении статуй. Однако он не одинок: его другу Сэнку также удалось сбросить каменную оболочку, и теперь, используя научные знания, они начинают восстанавливать былую цивилизацию.

Сэнку Исигами стал на шаг ближе к разгадке тайны зелёного света, когда-то превратившего человечество в камень. С помощью бывших подручных Цукасы Сисио он строит корабль, но даже самому лучшему судну нужен капитан. В процессе поисков Сэнку и его команда находят окаменевшего наследника крупнейшего морского конгломерата по имени Рюсуй Нанами. При жизни Рюсуй был не самой приятной личностью, но при этом обладал обширными знаниями о парусниках. Сэнку решает пойти на риск и воскресить капитана.

Добро пожаловать в «Аниматрицу» — визуальную феерию изумительной компьютерной графики и японского «аниме»! Вам предстоит увидеть девять поразительных картин от всемирно известных мастеров «аниме». Вас ждет приквел «Матрицы», где Вы узнаете предысторию возникновения нового иллюзорного мира, побываете в последних городах рода человеческого, а также станете свидетелями глобальной войны людей с машинами, войны, которая закончилась гибелью цивилизации.