2017 год. ЕС терпит бедствия и разрушения из-за Британской империи. Надежды на избавление и получение независимости уже давно нет. Но страны, входящие в Евросоюз так легко сдаваться не собираются. Для выполнения секретного задания была выбрана небольшая группа японцев.

30-летний Дайкити Кавати, холостяк и трудоголик, получает известие о смерти деда. А на похоронах выясняется, что у старика осталась внебрачная 6-летняя дочь, которую родня собирается отослать в приют. Дайкити решает взять брошенку себе и таким образом становится отчимом собственной тёте.

Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе серии «Марк» и вызволяет Синдзи из воздушного линкора WILLE.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются наладить мирную жизнь.

Когда-то на Земле было обнаружено отверстие, уходящее глубоко в недры планеты. Его назвали Бездной. Там живут опасные существа и хранятся ценные реликвии с древних времён. Девочка Рико мечтает стать отважной исследовательницей Бездны, какой была её погибшая мать, но пока Рико лишь одна из множества младших помощников, выполняющих тяжелую работу на самом верхнем уровне. Однажды Рико встречает мальчика, который оказывается роботом и не помнит, как здесь оказался. Вместе они отправляются в полное опасностей путешествие на самое дно Бездны.

Бездна — загадочное и смертельно опасное место, которое привлекает всевозможных искателей приключений. Рико — дочь знаменитой исследовательницы Бездныи мечтает пойти по стопам матери. Однажды девушка находит потерявшего память работа. Вместе они решают бросить вызов глубинам Бездны, чтобы найти мать Рико.